A ideia da fundação de uma Escola Superior Municipal em Jundiaí partiu da própria sociedade local, representada na ocasião por lideranças como professor José Leme do Prado Filho, Cassemiro Brites Figueiredo, José Pacheco Neto Jr., Rubens do Amaral Gurgel, Virgílio Torricelli, Fausto Bocchino, Armando Guerrazzi, Cláudio Zambon Clemente, Hermenegildo Martinelli, Ariosto Mila, Lavoisier França Silveira e Oswaldo Willy Fehr. Contando com o apoio do então prefeito Pedro Fávaro, foi promulgada a Lei nº 1.506 no dia 12 de março de 1968, criando a Faculdade de Medicina de Jundiaí, como entidade autárquica do município. Então, na próxima quinta-feira, a FMJ passa a ser uma cinquentona.
Para dar corpo e forma à instituição recém-criada, Fávaro indicou o Jayme Rodrigues, cirurgião jundiaiense para a direção da FMJ, que iniciou contatos com a Universidade de São Paulo, berço de sua formação médica, e trouxe para a FMJ um grupo de conceituados professores para compor um corpo docente de alto padrão acadêmico. Estabeleceu em 60 (sessenta) o número de vagas para o curso médico, de acordo com a capacidade do hospital, com o intuito de dar qualidade à formação dos estudantes.
Conseguiu reformar e adaptar, em menos de seis meses, o prédio do antigo Hospital Santa Rita, situado à Rua Francisco Telles, 250, na Vila Arens, para ser a sede da Faculdade de Medicina de Jundiaí. O curso médico teve início no dia 24 de março de 1969, recebendo apoio prefeito, Walmor Barbosa Martins e do vice-prefeito, Tarcísio Germano de Lemos.
O curso teve grande procura já no seu primeiro concurso vestibular, quando 588 candidatos disputaram as 60 vagas oferecidas. O Pronto Socorro Municipal de Jundiaí foi criado pela prefeitura em 1972, em prédio anexo ao Hospital São Vicente de Paulo, sob total responsabilidade da faculdade. O diretor Dr. Jayme Rodrigues conseguiu também a seção do Hospital nº 2 do SESI de Jundiaí para ensino da Pediatria.
No ano de 1973, uma vez que a legislação não permitia mais recondução ao cargo, o Dr. Jayme Rodrigues foi substituído, na direção da faculdade, pelo seu vice-diretor, Dr. Joaquim Jacyntho Floriano de Toledo, médico conceituado na cidade de Jundiaí.
O reconhecimento federal da faculdade, com base no Decreto nº 71.656 de 04 de janeiro de 1973, ocorreu antes de formar a primeira turma, o que significou a consolidação da credibilidade da Instituição.A primeira turma graduou-se em dezembro de 1974 e muitos desses formandos. Dentre esses formandos, muitos se radicaram em Jundiaí e alguns ingressaram no corpo docente da própria faculdade, permanecendo até os dias atuais.
Participaram da diretoria da faculdade nos seus primórdios, além dos já citados: Prof. Dr. MetryBacila (1973 a 1977), Prof. Dr. Aníbal C. da Silveira Santos (1977 a 1979), Prof. Dr. Álvaro da Cunha Bastos (1979 a 1983).
Em fevereiro de 1984, o então prefeito André Benassi decretou intervenção na FMJ, derrubada por um mandado de segurança junto à justiça local e foram nomeados pela Congregação da faculdade, os diretores interinos: Roberto Focacccia (março a setembro de 1984). Nesse período o prefeito decretou a extinção gradativa da Autarquia Faculdade de Medicina de Jundiaí.
Em 1985, o vestibular desse ano foi suspenso com mandado de segurança da Prefeitura. A FMJ moveu ação popular contra o prefeito, por decretar o seu fechamento. Estando a faculdade impedida de realizar o vestibular, Aloysio de Mattos Pimenta tomou a iniciativa de preencher as vagas do 1º e do 2º ano com a admissão de profissionais de outras áreas da saúde, utilizando o aproveitamento de estudos. Isto ocorreu até 1987, tornando sem efeito a intenção do fechamento gradativo da faculdade.
A intervenção federal iniciada em setembro de 1988, a pedido da própria faculdade, foi aprovada pelos Conselhos Estadual e Federal de Educação. Um diretor pró-tempore (interventor) foi nomeado pelo MEC. A intervenção federal durou quatro anos (de 1988 a 1992). (Informações da assessoria de imprensa da FMJ)
Nos 50 anos de atividades, estes são os números da FMJ:
- 2.581 médicos graduados, egressos de 43 turmas
- 111 enfermeiros graduados
- 1.194 médicos Residentes formados em nossos 14 Programas de Residência Médica
- 87 Mestres, diplomados em Ciências da Saúde e iniciamos o Doutorado neste ano, aprovado também pela CAPES.
- 135 docentes sendo 84% titulados com livre-docência, doutorado ou mestrado
- 100 professores colaboradores voluntários
- 85 funcionários
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